הספר “חיי פיי” מספר את סיפורו של פיי, נער פעלתן וסקרן, הבוחן את מגוון הדתות הקיימות בהודו ונעשה בעת ובעונה אחת הינדי מאמין, נוצרי אדוק ומוסלמי מסור. הוא אינו מבין מה רע באמונתו המשולשת, ומדוע יכול להיות לאדם רק “דרכון אחד” להגיע אל השמים. הוא “רק רוצה לאהוב את אלוהים” ולהגיע אליו.
אביו של פיי מנהל גן חיות גדול בהודו, וכך זוכה פיי להיוולד לתוך גן חיות, ולבלות את ילדותו בין בעלי החיים. עקב משבר פוליטי – כלכלי בהודו, מחליטים הוריו של פיי לעקור לקנדה. הם לוקחים עימם בעלי חיים מגן החיות ונוסעים ליעדם בספינת מטען יפנית. ואז קורה אסון: מסיבה לא-ידועה טובעת ספינת המטען, ופיי הוא השורד האנושי היחיד, בעוד שכל בני משפחתו ומלחי הספינה נספו. הוא נסחף באוקיינוס בסירת הצלה יחד עם צבוע, טיגריס בנגלי, אורנגאוטן וזברה שבורת רגל, משרידי גן החיות ההודי.
227 ימים שוהה פיי בסירת ההצלה, עד שהוא מגיע לחופי מקסיקו. במהלך התקופה הוא רואה את הזברה והאורנג אוטן נטרפים בידי הצבוע ואת הצבוע נהרג בידי הטיגריס. רק הוא מצליח לשרוד, ולא להיות למאכל לחיות הטרף, וזאת בשל שילוב של מזל ושכל המופעלים באילופו של הטיגריס, ובעיקר בכוח אמונתו בכח העליון. פיי נאלץ ללמוד לצוד דגים וצבים, לחסוך במים ובאוכל ותוך כדי כך גם למצוא מזון לטיגריס שבסירתו ולשמור על עליונותו מולו. בין הנער לטיגריס, אותו הוא מכנה ריצ’ארד פארקר, מתפתחים יחסים מיוחדים.
פיי מגיע תשוש ומורעב יחד עם הטיגריס, אויבו-אהובו, לחוף מקסיקו, ומספר את סיפורו לנציגי חברת הספינות היפנית שבאים לחקור אותו. הנציגים היפנים אינם מאמינים לגרסה שהוא מוסר לאירועים, והוא מספר לבקשתם סיפור חדש, כדי שיתיישב טוב יותר עם תפיסת המציאות שלהם.
בגרסה השנייה השורדים הם פיי, אמו, טבח הספינה ומלח יפה תואר ושבור רגל. הניצולים כורתים את רגלו של המלח כדי להצילו מנמק, אך הוא מת מן הקטיעה. במהרה מתגלה הטבח כניצול תאוותן האוכל את כל המזון שנמצא בסירת ההצלה, ומתחיל לאכול גם את גופו המת של המלח. בסכסוך בין אמו של פיי לטבח, הוא רוצח אותה, ואז פיי משיב לו כגמולו והורג אותו. בסיפור זה הניצולים כולם הם בני אדם. אולם, כפי שמבחינים גם היפנים ששומעים את הסיפור, גרסה זו מייצגת את הסיפור כפי שסיפרו פיי לאורך כל הספר, כאשר המלח בעל הרגל השבורה מקביל לזברה, אמו של פיי מקבילה לאורנג אוטן, הטבח הוא הצבוע ופיי עצמו הוא הטיגריס. בסופו של הספר שואל פיי את הפקידים היפנים איזה סיפור הם מעדיפים: אחד ללא בעלי חיים או אחד עם בעלי חיים. פיי מודה להם ואומר: “וכך זה הולך עם אלוהים.”
מצד אחד האמת המדעית היא אולי “נכונה” יותר, כשם שגירסת בני האדם של פיי משכנעת ורציונאלית יותר, אך, מצד שני, גרסת החיות שובה את הלב ואף תופסת את רובו ככולו של הספר. יוצא מכך שאלוהים הוא בחירה, והחיפוש אחריו, החיפוש אחרי הקרבה אליו, היא דרך. באיזו דרך נבחר?